Sua família dispõe de um pequeno “museu de som” para arquivo de gravações, em fitas magnéticas, de músicas de compositores santarenos.

Compositor prolífico, possui mais de mil e seiscentas (1.600) composições musicais catalogadas, algumas de largas proporções. Nesse cômputo, entretanto, não figuram – pelo fato do autor não haver conservado originais ou cópias em seus arquivos – as inúmeras musiquetas compostas para cordões da quadra junina, grupos pastoris, teatrinhos escolares e nem os incontáveis arranjos, harmonizações, instrumentações e adaptações de peças suas e de outros autores, notadamente para piano, órgão, pequenas orquestras, banda-de-música, “jazz-band“, canto etc., trabalhos que já ultrapassaram a casa do milhar.

O conjunto das produções de Wilson Fonseca, compositor bastante eclético, compreende músicas das mais variadas espécies, do popular ao erudito: valsas, modinhas, toadas, tangos, canções, boleros, foxs, choros, frevos, hinos, marchas, marchas para procissões e fúnebres, marchinhas de carnaval, sambas, sambas enredo para carnaval, maxixes, peças para teatro de revista, acalanto, lundu, çairé e outras, inclusive com inspiração em temas folclóricos.

Compôs diversas obras para piano, coral, música sacra (inclusive missas), de câmara, para banda (especialmente dobrados), peças sinfônicas e uma ópera amazônica.

A experiência de Wilson Fonseca abrange ainda composições para jazz-band, que animavam as festas dançantes de sua juventude, quando também tocou em conjuntos musicais na época do cinema-mudo, sendo, aliás, a sua primeira composição destinada à sonorização de uma cena de um filme projetado em Santarém, a valsa Beatrice (1931).

Destacam-se, ainda, a Abertura Sinfônica “Centenário de Santarém” (1948), “América 500 Anos” (poema sinfônico, com opção para vozes no movimento final, 1992), “Cantata Nazarena” (deceto para flauta, saxofone-alto, pandeiro ou maracá, tambor-carimbó, vozes, órgão e triângulo, 1993), “Amazônia” (suíte em 3 movimentos, para jazz-band, 1996), uma ópera amazônica intitulada “Vitória-Régia, O Amor Cabano” (1996), com libreto de seu filho José Wilson Malheiros da Fonseca, “Tapajós Azul” (valsa, para orquestra sinfônica, 1997) “As Pastorinhas” (peça de teatro popular, restaurada em 1997), 2 noturnos, 1 sonatina (para piano e transcrição para quinteto de cordas), dança coreográfica do Tipiti, inúmeras peças para coral a 2, 3 e 4 vozes, diversos números para piano solo, piano a 4 mãos, canto e piano, e várias peças de câmara (solos, duetos, trios, quartetos, quintetos, decetos de sopros e/ou cordas etc.), excelentes Dobrados para banda (46), além de músicas sacras, inclusive Missas, a quinta-essência de sua obra musical.

Quase toda a sua obra, porém, encontra-se praticamente inédita.

O catálogo de sua obra musical encontra-se atualmente assim organizado: Coral (I); Sacra (II); Valsas, Modinhas, Toadas, Tangos e Canções (III); Orquestra, Trio e Duetos (IV); Músicas para Banda (V a VIII);Sambas, Marchas, Foxs e Boleros (IX); Diversos-A (X a XIII), Poema Sinfônico – “América 500 Anos”, de 1992 (XIV), Ópera Amazônica – “Vitória-Régia, O Amor Cabano”, de 1996 (XV), Diversos-B (XVI a XX),possuindo mais de 10 Missas – inclusive com textos latinos -, inúmeros conjuntos de câmara (solos, duos, trios, quartetos, quintetos, decetos para cordas e/ou sopros), peças para piano solo e a 4 mãos, canto, arranjos etc. Há várias composições com letras também de sua autoria, tais como as diversas canções inspiradas em temas folclóricos e nas belezas naturais de sua terra natal.

Dos atuais 20 volumes de sua “Obra Musical“, 4 apenas foram editados (3 pelo Governo do Estado do Pará, em diversas administrações, de 1977 a 1984, e 1 sob os auspícios de seus filhos, em 1982, quase todos músicos amadores, por tradição de família). Está programada a reedição desses volumes e a edição dos demais, pela Prefeitura Municipal de Santarém, Instituto Cultural Boanerges Sena e Escola de Música Maestro Wilson Fonseca.